El Laboratorio de Cromatografía y Espectrometría de Masas del IQF Blas Cabrera es gestionado por el Grupo y dispone de los siguientes equipos:

- Espectrómetro de masas de tiempo de vuelo con ionización y desorción por láser asistida por matriz (MALDI-TOF), modelo Voyager-DE PRO (Applied Biosystems) con intervalo de masas hasta 300.000 u en baja resolución (modo lineal) o hasta 10.000 u en alta resolución (modo reflectrón).

- Cromatógrafo de líquidos con bomba cuaternaria acoplado a un espectrómetro de masas de trampa iónica (LC-MS), modelo Surveyor-LCQ Deca (Thermo Electron), con ionización por electrospray (ESI) e ionización química a presión atmosférica (APCI) y con posibilidad de realizar experimentos de masas en tandem (MSⁿ).

Estos equipos permiten obtener espectros de masas de una gran variedad de sustancias, por lo que es posible llevar a cabo análisis de confirmación de la masa molecular de proteínas, péptidos, carbohidratos, colorantes, productos naturales, etc. y obtener la distribución de masas moleculares, unidades repetitivas y grupos terminales de polímeros.